Награды
30 августа 1893 года — орден Святого Станислава 3-й степени; 14 мая 1896 года — орден Святого Станислава 2-й степени; 1897 год — медаль в память царствования Императора Александра III для ношения на груди на ленте ордена Святого Александра Невского; 1 января 1903 года — орден Святого Владимира 3-й степени; 1 января 1906 года — орден Святого Станислава 1-й степени.
Память
В честь Шахматова в ноябре 1971 года одна из улиц Петергофа была названа его именем.
Российской академией наук с 1994 года за выдающиеся работы в области источниковедения, текстологии, языкознания присуждается Премия имени А. А. Шахматова.