В 1910 годы Отделение русского языка и словесности стало центром филологии в России. По инициативе Шахматова Академия наук издала монографии, словари, материалы и исследования по кашубскому, полабскому, лужицкому, польскому, сербскому, словенскому языкам. В 1897 году Шахматов возглавил работу над академическим словарём русского языка[8]. Отделение взяло под свою опеку реформу правописания, принятую лишь Временным правительством.
После работ Шахматова любое исследование по истории Древней Руси опирается на его выводы. Учёный заложил основы древнерусской текстологии как науки.
Особенно большой вклад исследователь внёс в разработку текстологии древнерусского летописания, в частности, «Повести временных лет». Сличение различных редакций данного памятника позволило Шахматову прийти к выводу о том, что дошедший до нас текст по происхождению многослоен и имеет несколько стадий формирования. Логические нестыковки, текстовые вставки, разрывающие связный текст, отсутствующие в Новгородской первой летописи, по мысли Шахматова, являются свидетельством существования гипотетического «Начального свода», созданного приблизительно в 90-х годах XI века. Например, в тексте Новгородской первой летописи отсутствуют договоры Руси с греками X века, а также все прямые цитаты из греческой Хроники Георгия Ама́ртола, которой пользовался составитель «Повести временных лет».
При дальнейшем изучении «Начального свода» Шахматов обнаружил другие логические несоответствия. Из этого делался вывод о том, что и в основе «Начального свода» лежала некая летопись, составленная между 977 и 1044 годами, которую исследователь назвал «Древнейшим сводом». «Сказания о призвании варягов», согласно Шахматову, в «Древнейшем своде» ещё не было. В своём исследовании «Сказание о призвании варягов» Шахматов писал, что рассказ о призвании варягов — поздняя вставка, составленная летописцами из нескольких северорусских преданий, подвергнутых ими глубокой переработке. А. А. Шахматов считал Сказание о русской грамоте частью не дошедшего до нас западнославянского исторического сочинения, другие части которого отразились в Повести временных лет в начальном фрагменте о расселении славянских народов и в Сказании о преложении книг под 898 годом. Вставку в Повесть временных лет сделал, по мнению А. А. Шахматова, Сильвестр в 1116 году. Предполагаемое западно-славянское (великоморавское) сочинение, которое летописец использовал в качестве историко-литературного источника в недатированной начальной части «Повести временных лет» и в её повествовании под 6406/898 годом, Шахматов назвал «Сказанием о преложении книг на словенский язык» («Сказанием о начале славянской грамоты»). Н. К. Никольский, поддержавший гипотезу А. А. Шахматова, предположил, что реконструированное «Сказание» было обрывком первоначальной киевской летописи. А. А. Шахматов предположил моравское происхождение известий «Повести временных лет» о начале расселения угров-венгров в Паннонии, проследив их прямую композиционную и содержательную связь со «Сказанием». Сходство «Сказания» с «Легендой Кристиана» в тех местах, где оно расходится с каноническими житиями Кирилла и Мефодия, объясняется тем, что книжники использовали какую-то славянскую компиляцию из латинских легенд, написанную глаголицей. Шахматов считал, что Корсунская легенда о крещении Владимира существовала отдельно и была включена в летопись уже после создания основного текста. Этим объясняются повторы, обрывы в изложении и нелогичности в Новгородском своде и «Повести временных лет». По мнению историка Татьяны Вилкул, многие из идей, которые были приписаны Шахматову, выдвигались его предшественниками.
Шахматов выводил восточнославянские языки от «общедревнерусского» языка, дезинтеграция которого была задержана интеграционными процессами, связанными с государственным единством в рамках Киевской Руси.
После смерти учёного в 1925—1927 годах был издан во многом нетрадиционный «Синтаксис русского языка», оказавший значительное влияние на развитие синтаксической теории в России, в котором Шахматов впервые сделал попытку выявить систему в огромном разнообразии синтаксических конструкций русского языка.
Среди учеников А. А. Шахматова: Д. К. Зеленин, российский и советский этнограф, член-корреспондент АН СССР; Г. А. Ильинский, русский и советский филолог-славист, историк и археограф, член-корреспондент РАН, С. П. Обнорский, российский и советский лингвист-русист, действительный член АН СССР; М. Д. Присёлков, российский и советский историк; М. Фасмер, русский и немецкий лингвист-славист, автор «Этимологического словаря русского языка» в 3-х томах (Russisches etymologisches Wörterbuch); С. Г. Бархударов, лингвист, редактор многотомного «Словаря русского литературного языка», член-корреспондент АН СССР; Д. В. Бубрих, основатель советского угроведения, член-корреспондент АН СССР; В. Л. Комарович, М. Г. Долобко.
Труды по украинскому языку
Алексей Шахматов — один из авторов двухтомника «Украинскій народъ в его прошломъ и настоящемъ» (Украинский народ в его прошлом и настоящем) (1914—1916)[24], созданного по предложению М. С. Грушевского, крупного украинского историка. В его написании принимали участие такие известные учёные, как С. Л. Рудницкий, А. А. Русов, В. Ю. Охримович, С. Т. Томашевский, Ф. Волков, П. С. Ефименко. В 1905 году участвовал в написании декларации Императорско Санкт-Петербургской АН «Про отмену ограничений малорусского печатного слова» (1905), автор подробных рецензий на грамматики украинского языка А. Крымского и С. Смаль-Стоцкого, словарь украинского языка Б. Гринченко.
Переписывался с многими украинским филологами и историками (Б. Д. Гринченко, М. С. Грушевским, П. И. Житецким, Д. Н. Овсянико-Куликовским, В. Н. Перетцем, Н. И. Петровым, П. Я. Стебницким, А. И. Степовичем, И. М. Стешенко, Н. Ф. Сумцовым, Т. Д. Флоринским и др.), решая различные научно-организационные вопросы.
Алексей Александрович с интересом и сочувствием относился к развитию украинской литературы и украинского языка, но скептически высказывался по отношению к стремлению деятелей «украинского движения» к отделению малорусской народности от единого русского народа, по российским этнографическим представлениям того времени подразделявшегося на белорусов, великороссов и малороссов.
Где же та русская народность, о которой мы говорили выше и которую хотели признать естественною носительницей и представительницей государственных интересов? Признаем ли мы такою русскою народностью только великорусскую? Не будет ли это признание тяжким преступлением против государства, созданного и выношенного всем русским племенем в его совокупности? Решение объявить «инородцами» малорусов и белорусов не умалит ли самое значение русской народности в нашем государстве, вводя его в сравнительно тесные пределы Московского государства XVI—XVII вв.?
— А. Шахматов. О государственных задачах русского народа в связи с национальными задачами племён, населяющих Россию. «Московский журнал», 1999 г., № 9.
Шахматов, в отличие от других русских филологов — Соболевского, Флоринского, Ягича, Корша и др., видел причиной стремления части украинской интеллигенции к обособлению не идейные и политические аспекты, а реакцию на запретительные меры по отношению к украинскому языку.
Впервые Шахматов сделал фольклорные записи в диалектологической поездке по Олонецкому краю в 1884 году. Записи включали 71 сказку, 11 былин, 2 духовных стиха, 30 загадок, а также свадебные песни и причеты. Учёный выбрал Олонецкий край из-за его отдалённости, надеясь найти обособленный говор, в котором бы чётко проявлялись его диалектологические особенности. Своей поездкой он продолжил исследования известных фольклористов П. Н. Рыбникова и А. Ф. Гильфердинга, собравших интересные сведения по диалектологии, и историка русского языка М. А. Колосова, записавшего много сказок, свадебных и игровых песен. За два летних месяца (июль и август), Шахматов посетил Заонежье, Кондопожскую, Великогубскую, Шунгскую и Толвуйскую волости. Часть сказок была опубликована в «Записках Русского географического общества». Собранный в поездке диалектологический материал Шахматов использовал в «Исследовании о языке новгородских грамот», в диссертации «Исследования в области русской фонетики» и в некоторых других статьях. Лексический материал стал ценным вкладом в «Словарь областного олонецкого наречия в его бытовом и этнографическом применении», составленном Г. И. Куликовским.